En la liga solo alcanzó el séptimo lugar y hubo una vez más problemas financieros. Fue la única vez en la historia de la Bundesliga que ambos clubes de Múnich finalizaban la liga ocupando los primeros tres puestos de la tabla. El 18 de agosto de 1912, Belgrano Athletic Club vence a River 8-1, generando la peor caída en la historia (durante el profesionalismo jamás recibiría una goleada de tal magnitud). «Primer gol en la historia de la Liga». Anda renqueante desde la jugada del gol ante Irán que supuso la clasificación para octavos. El 6 de junio de 1964, en el primer partido de la ronda de promoción ante el San Pauli, el Bayern salió airoso ganando 4:0. Fue el primer partido oficial de Franz Beckenbauer, quien para el momento contaba con 18 años de edad, y además su primer partido con el Bayern logró su primer gol. En la calificación se encontraron con el San Pauli, pero perdió 0:2. Desde ese momento comenzó un largo bajón deportivo en la asociación que incluso culminó con el descenso en la temporada 1954-55. Sin embargo, logran el ascenso al año siguiente. En la temporada 1962-63 el club participó por primera vez en un torneo internacional de prestigio; la Copa de Ferias.
El Bayer Leverkusen eliminó al Bayern en los octavos de final de la Copa de Alemania, mientras que en la Liga de Campeones de la UEFA 2008-09 el Bayern llegó a los cuartos de final, siendo eliminados por el a la postre campeón, el Barcelona, después de ganar en el Grupo F y derrotar a Sporting de Lisboa en la primera ronda de la eliminatoria, logrando un resultado global récord en la Liga de Campeones de 12:1. El 27 de abril, dos días después de una derrota en casa contra el Schalke 04 que hizo caer al Bayern al tercer puesto en la tabla, camisetas del inter de milan Jürgen Klinsmann fue despedido. Esto llevó a que el posteriormente conocido «bombardero de la nación» se adhiriera a la lucrativa oferta presentada por el Bayern. En el 2010, Elizabeth Soler fue subcampeona del mundo en Portugal, repitiendo en lo que repitió en Brasil 2011, tanto en Figuras Obligatorias como en Libre. Amarilla para Koopmeiners. La primera del partido. En su primera temporada de la Bundesliga el Bayern disputó el derbi ante el 1860 Múnich perdiendo con marcador de 0:1. Posteriormente en el partido de vuelta, el Bayern logró ganar 3:0, dándole el tercer lugar en la tabla.
Desde la aparición de la Copa de Ferias, el Bayern jugó por primera vez una competencia internacional organizada por la UEFA, la Copa de Europa de Campeones de Copa. Por otro lado el alemán Jupp Heynckes se convirtió en el primer entrenador del club -y de un equipo alemán- que logra el triplete -Liga, Copa y Liga de Campeones-. Un mes después, el 21 de julio, se hizo oficial la compra del 99,99 % de las acciones del Club Baloncesto Sevilla por la cantidad de 1 €. En 1963 no solo habían perdido el campeonato, sino que las Oberligas en Alemania fueron consolidadas en una liga nacional: la Bundesliga. Uno de los pocos puntos destacados de los años 1940 y 1950 para el club, fue ganar la Copa de Alemania. El R. C. D. Español, llegaba líder invicto y con una ventaja de seis puntos sobre el FC Barcelona. Tras quince jornadas y solo tres victorias tenía los mismos puntos que el Athletic Club en plaza de descenso. Sin embargo el presidente José María Aguilar no le ofreció al entrenador una renovación de contrato alegando que el club precisaba de buscar otros rumbos y el entrenador fue despedido. El contrato de Helmut Schneider en realidad fue extendido, pero luego tuvo que abandonar el club.
Mientras Bayern ofreció a Müller un contrato profesional, el TSV solamente ofreció un contrato de aficionado de un año. Bayern llegó a la final como una completa sorpresa tras dejar en el camino a clubes como el Tatran Prešov de Checoslovaquia, Shamrock Rovers de Irlanda, Rapid de Viena de Austria, y Standard de Lieja de Bélgica. Después de vencer en la semifinal al Saarbrücken con marcador de 3:1, la final sería ante 42 000 espectadores en el estadio Augsburger Rosenaustadion, donde Rudolf Jobst marcó el definitivo 1:0 contra el Fortuna Düsseldorf. Al igual que hizo ante la selección africana y la sudamericana, equipacion inter de milan Cody Gakpo anotaría el 1-0 del partido frente a Qatar. El partido de promoción fue ante el Tennis Borussia Berlín, donde el Bayern conseguiría una contundente victoria por 8:0 en la ciudad de Berlín, además del ascenso. Sin embargo aparece Roland Endler, un hombre de negocios de la ciudad de Neuss y gran fanático del Bayern, el cual proveyó los fondos necesarios, siendo además recompensado con cuatro años en la presidencia del club. El estadio estaba equipado únicamente con las instalaciones imprescindibles y un aforo limitado de 10 000 espectadores, pagadas por la directiva, pues la empresa constructora a la que se le había avanzado una parte importante del dinero, quebró.