El equipo concluyó cuarto en la liga, por lo que accedió a disputar la fase previa de la Liga de Campeones. Para enero y febrero del año siguiente, el equipo participó (también por el caso de corrupción del Olympique de Marsella) en la Supercopa de Europa, la cual perdió ante el Parma, después de ganar por 1:0 en la ida (gol de Papin) y de caer por 0:2 en San Siro (con un gol en el quinto minuto del tiempo suplementario). En la temporada de 1990/91 y tras la ida de Giovanni Galli al Napoli, el equipo se estrenó con la obtención de la segunda Supercopa de Europa, al derrotar a la Sampdoria por 2:0 en el San Siro (con goles de Gullit y Van Basten), después de haber logrado igualar 1:1 en la ida (gracias a un gol de Evani). En el campeonato local, el equipo acabó en la segunda ubicación tras la Sampdoria. Aquel conjunto obtuvo un total de 74 tantos (una media de 2 por partido), concretando algunos memorables partidos para el club, como el 5:0 al Napoli, el 5:1 a la Sampdoria (defensora del título) o el 2:1 al Rangers FC (el mejor equipo del planeta en aquella época).
El nombre tuvo poco éxito, porque los aficionados seguían llamando al equipo Inter, así que en 1931, la directiva, con permiso del régimen, camisetas del inter de milan tuvo que renombrar el club. El Inter de Milán ejerce de local en el Estadio Giuseppe Meazza (también conocido por el nombre del barrio, San Siro) desde 1947, y lo comparte con el A. C. Milan. Los dirigidos por Capello, lograron imponerse a los demás rivales, pero teniendo que disputar sus dos últimos partidos de local en el grupo, en un campo neutro de la ciudad de Trieste, tras un incidente en la victoria del equipo por 3:0 ante el Austria Salzburgo, en San Siro. En la Liga de Campeones, el equipo tuvo un duro escollo (en la fase de grupos) ante el Ajax, perdiendo ambos partidos ante el cuadro neerlandés. El retorno al ámbito internacional, finalizó con la eliminación en fase de grupos de la Liga de Campeones, al perder por 2:3 ante el Galatasaray de Turquía. En agosto, el Milan comenzó la temporada de 2000/01 ganando la llave eliminatoria ante el Dinamo Zagreb gracias a un 6:1 global, pero al caer eliminado en la (por entonces) segunda fase grupos y en vista de una hipotética final en su estadio, Zaccheroni era sustituido por Cesare Maldini.
En 1990, el Nerazzurri en la Copa de la UEFA avanzó bastante gracias a la excelente actuación de Matthaüs, Klinsmann y Berti, Bergomi y Zenga. Chelsea y CSKA Moscú caen sucesivamente ante los ‘nerazzurri’ y en semifinales aguarda el Barcelona de Guardiola, vigente campeón. El poderoso Benfica de Eusebio, campeón en el 61 y 62 y subcampeón en el 63, espera en la final tras dejar en el camino, entre otros, al Real Madrid, al que inflige un contundente 5-1 en La Luz en cuartos de final. En la Copa UEFA y después de un sólido camino, el equipo cayó en cuartos de final por 0:3 ante el Girondins de Bordeaux (en Francia), después de haber ganado por 2:0 en el partido de ida disputado en el San Siro. En cuartos de final se midió al Benfica, al cual eliminó por un global de 2:0 (2:0 en Milán e igualdad sin goles en Lisboa), accediendo a semifinales donde logró dejar en el camino al Paris Saint-Germain, tras lograr ganar por 0:3 en la ida y finiquitar en el San Siro tras empatar 0:0. De esta manera, el Milan accedió a disputar su quinta final en siete años y la tercera de manera consecutiva.
Curiosamente, Giuseppe Baresi desarrolló toda su carrera en el Inter de Milán: entró en el club a los 14 años y jugó quince temporadas en el primer equipo (1977-1992), con 559 partidos disputados y 13 goles marcados. El partido de ida se disputó en el Giuseppe Meazza; el Barcelona se adelantó por mediación de Pedro Rodríguez, pero el Inter remontó y ganaría por 3-1 con goles de Wesley Sneijder, Maicon Douglas y Diego Milito. Mientras que el Inter de Mancini únicamente ganó títulos a nivel nacional (tres scudettos, dos Coppa Italia y dos Supercopas italianas), todos de manera consecutiva en la primera etapa de Mancio en el equipo. Hacia el final de la campaña, el equipo logró una racha de seis victorias consecutivas lo que lo dejó en la primera ubicación, por delante de la Lazio, dirigida entonces por Sven-Göran Eriksson. Repitiendo el sólido camino (con emocionantes partidos como el 7:3 a la Fiorentina o el 5:4 al Pescara) del torneo precedente, el Milan mantuvo el liderazgo y el control del campeonato desde la primera jornada, culminando con el bicampeonato y la obtención del decimotercer scudetto.