Si el técnico francés es un radical seguidor de las rotaciones, y su éxito le avala, no cabe esperar sino un equipo prácticamente revolucionario ante el Fuenlabrada. La llegada del técnico español ha creado revuelo entre los hinchas del Everton por su pasado glorioso dirigiendo al rival ciudadano, el Liverpool. En su debut Ronaldo marcaría 25 goles en la Serie A; El Inter en Copa de la UEFA empezaría venciendo a Neuchatel xamax FC 4-0, de remontarle a Lyon 4-3 y a Estrasburgo 2-3 para llegar a cuartos de final y eliminar 2-1 a Shalke 04 el rival de la edición pasada. El descenso de la Juventus y el comienzo del AC Milán con menos puntos dejó al Inter como principal favorito en Serie A, siendo su principal rival la AS Roma. Inter tomaría el liderato en la fecha 4 y defendería la cima las siguientes jornadas venciendo a AC Milán y a Juventus con hat trick de Altobelli.
En la temporada 2002-03, el Inter llegó a semifinales de la Champions donde se enfrentó con el AC Milán; un empate 0 a 0 con el Milán jugando como local; y otro por 1 a 1, dejó a los nerazzurros sin final por la regla del gol visitante. Inter y Milan se marchan a los vestuarios con el empate a cero inicial en el marcador en una primera parte donde ambos han tenido ocasiones de gol, pero sigue prevaleciendo el resultado de la ida. El Inter se enfrentaba a la SS Lazio, al minuto 24 Inter ganaba 2-0 pero Lazio remontaría y el resultado final sería 4-2, Sus rivales ganarían sus partidos así terminaría tercero a 2 puntos del título. La semifinal con Spartak Moscú 4-2 a favor del Inter, El 6 de mayo de 1998 se daría la primera final a único partido de la Copa UEFA sería en el estadio Parque de los Príncipes en París donde se enfrentó a S:S Lazio ganándole 0-3 con goles de Zamorano, J. Zanetti y el «Fenómeno» Ronaldo Nazario para el Nerazzurri consagrarse campeón de su tercer título en siete años. Christian Vieri fue Capocannonieri de ese año con 24 goles.
El colombiano Ivan Córdoba llega al Nerazzurri y liderados por los atacantes Baggio-Zamorano junto al fichaje más alto del Inter en esa época Christian Vieri (Ronaldo había sufrido una gravísima lesión), el Inter se clasificó para la UEFA Champions League y finalizó subcampeón de la Copa de Italia. La inexistencia de fehacientes escritos, afirmaciones o testimonios de la época al respecto, derivan en variopintas lecturas. Sería reemplazado por una antigua leyenda interista, Marco Tardelli, el cual consiguió llevar al equipo a puestos de Copa de la UEFA. Para la temporada 2001-02 son fichados los Francesco Toldo y Marco Materazzi, llegaba al equipo el entrenador argentino Héctor Cúper, que había llegado ala final de la Champions League en los años 2000 y 2001 con el Valencia CF. Hemos demostrado que somos el equipo que mejor juega de España. Una relativa estabilidad llegó en la temporada 1999-00 con el nuevo entrenador Marcello Lippi, que llegaba precisamente de triunfar en la Juventus. Para la 2005-06 llegan Luís Figo, Walter Samuel y Julio César Soares, el Inter obtenía la segunda Supercopa de Italia de su historia al vencer a la Juventus 0-1 con gol de Veron.
Pero al comenzar la temporada 2000-01, el Inter quedaba eliminado en agosto de la Champions por el modesto Helsingborg sueco y perdía la final de la Supercopa de Italia frente a la Lazio. En la Supercopa de Italia 2006 Inter remontaría un 0-3 a la AS Roma finalizando 4-3 en el Guiseppe Meazza con goles de Patrick Vieira, Hernán Crespo y Luís Figo ganarían su tercer título. Dos años después, se consagra campeón de la Copa de Italia por tercera vez en su historia, disputando la final en mayo de 1982 con Torino FC venciendo en el global 2-1 con goles de Aldo Serena, Alessandro Altobelli marcaría el gol del triunfo y cerraría como goleador con 9 goles. El 22 de mayo de 1991, el Nerazzurri ganaría su primera Copa de la UEFA en el Estadio Olímpico de Roma tras vencer a la AS Roma por 2-1 en el global. El Inter volvería a revalidar la Copa de Italia obteniendo la quinta venciendo de nuevo a la AS Roma en la final con un global 2-4 goles de Cruz, Cambiasso, y Martins. Si bien no ganaría la liga, el Inter ganó la Copa de Italia al vencer a AS Roma en el global 3-0 con goles de Adriano Leite Ribeiro y Mihajlovic en el Giuseppe Meazza ganando su cuarta Copa local después de 23 años.