En la Copa UEFA y después de un sólido camino, el equipo cayó en cuartos de final por 0:3 ante el Girondins de Bordeaux (en Francia), después de haber ganado por 2:0 en el partido de ida disputado en el San Siro. El poderoso Benfica de Eusebio, campeón en el 61 y 62 y subcampeón en el 63, espera en la final tras dejar en el camino, entre otros, al Real Madrid, al que inflige un contundente 5-1 en La Luz en cuartos de final. La semifinal la disputó ante el Real Madrid, donde igualó en España (en un partido que lo tuvo como claro dominador y donde le anularon un legítimo gol) por 1:1 gracias a la contundencia goleadora de Van Basten. Para la segunda ronda, el equipo volvió a enfrentar al Real Madrid, al cual eliminó después de imponerse por 2:0 en Italia y resistir un 0:1 en la ida. En la temporada de 1990/91 y tras la ida de Giovanni Galli al Napoli, el equipo se estrenó con la obtención de la segunda Supercopa de Europa, al derrotar a la Sampdoria por 2:0 en el San Siro (con goles de Gullit y Van Basten), después de haber logrado igualar 1:1 en la ida (gracias a un gol de Evani).
Para enero y febrero del año siguiente, el equipo participó (también por el caso de corrupción del Olympique de Marsella) en la Supercopa de Europa, la cual perdió ante el Parma, después de ganar por 1:0 en la ida (gol de Papin) y de caer por 0:2 en San Siro (con un gol en el quinto minuto del tiempo suplementario). Liderando el campeonato local, el equipo disputó la Copa Intercontinetal, el 12 de diciembre de 1993, en reemplazo del Olympique de Marsella, a raíz de los casos de corrupción ocurridos en el seno del club francés. En la temporada 1997/98 Fabio Capello tomó nuevamente las riendas del equipo. En 1932, debido a las presiones de la dirigencia «nerazzurra» encabezada por el presidente Ferdinando Pozzani y la insistente campaña de los tifosi (afición) que partido tras partido entonaban el coro «Forza Inter», la Federcalcio le concede al club que, junto al nombre Ambrosiana, se colocara algo representativo a la historia del equipo, por lo que el equipo pasó a llamarse Associazione Sportiva Ambrosiana-Inter, la cual duraría hasta el final de la Segunda Guerra Mundial en 1945. Junto con el nuevo nombre, la camisa «nerazzurra» al que se le agregó el color blanco alrededor del cuello con cuadros negros en él, que representaban los colores de uniforme de la U. S. Milanese y contaba con el Fasces como escudo.
Esa victoria situó al Milan en la final que se disputó en el Camp Nou y frente al temible equipo rumano del Steaua Bucarest (campeones de Europa en 1986). La victoria contundente (magistral a nivel tanto táctico como técnico) de 4:0 dejó en evidencia el vistoso juego del equipo y las grandes individualidades que poseía, al ser Gullit y Van Basten (con una doppietta de cada uno) quienes concretasen los goles que le otorgaban al Milan, su tercera Copa de Campeones y su sexto título a nivel internacional. Se llamará Internacional, porque nosotros somos hermanos del mundo”. La era Capello continuaba en la senda del éxito al iniciar la temporada de 1994/95 con la obtención, en agosto, de la Supercopa de Italia (la cuarta del club y la tercera de manera consecutiva), en un partido disputado en el San Siro, donde el Milan se impuso a la Sampdoria por 4:3 en penales, después de empatar 1:1 en el tiempo regular y suplementario (con un gol de Gullit que igualaba el marcador a siete minutos del término de los noventa minutos).
En el inicio de la temporada, el Milan se adjudicó un nuevo trofeo al revalidar la Supercopa de Italia, después de vencer (en una final jugada en Washington, Estados Unidos) al Torino, con un único gol de Marco Simone a los cuatro minutos del primer tiempo. La temporada de 1989/90, lo vio coronarse con la obtención de la primera Supercopa de Europa tras batir, con un único gol de Alberigo Evani en la ida (después de igualar 1:1 en España), al Barcelona. El partido disputado en Atenas, el 18 de mayo de 1994, lo midió ante el Barcelona (el denominado Dream Team de Johann Cruyff). Aquel partido significó la última aparición en un campo de juego del gran Marco van Basten. Tres Ligas de Campeones (dos del Grande Inter de Helenio Herrera y una de Mourinho, en 2010) y tres Copas de la UEFA. Sin ser considerado como favorito, el Milan jugó la que puede considerarse como la mejor final disputada por la sociedad en la Liga de Campeones. Disputa sus encuentros como local en el Estadio Giuseppe Meazza, que comparte con el otro club de Milán: el AC Milan.