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Una semana después jugó la final de la Copa Davis 2009 entre España y República Checa en el Palau Sant Jordi en Barcelona (tierra natal de Nadal), a disputarse entre el 4 y 6 de diciembre sobre tierra batida (bajo techo), esta fue la segunda final de Copa Davis que disputó en su carrera. Debutó en la jornada diurna contra Robin Soderling (su último duelo fue la histórica derrota de Nadal en Roland Garros), contra quien cayó por 4-6 y 4-6. En su segundo partido se midió al ruso Nikolái Davydenko, en un duelo en el que perdía quedaba eliminado del torneo, finalmente Nadal cayó por 1-6 y 6-7(4) quedando ya sin opciones de avanzar a semifinales y acabar el año como 1. En su tercer partido se midió contra Novak Djokovic, el cual era para cerrar su participación ya que pase lo que pase ya estaba eliminado, perdió por 6-7(5), 3-6 en 1 hora y 58 minutos cerrando su participación con 0 victorias y 3 derrotas, sin siquiera poder ganar un set en su peor participación en un Torneo de Maestros.